治疗原则为积极预防感染，一旦发生心肌炎，则以病因治疗为主。出现心衰或心律失常者对症处理，可使用心肌营养药物。必要时可使用激素。

休息、支持、对症治疗仍是一线治疗手段，少数出现暴发型或急性心肌炎患者可能需要强化的血流动力学支持和药物干预，包括血管升压药和正性肌力药。对于左心室充盈压增高的患者可以静脉应用利尿剂、血管扩张剂(如硝酸盐类)，当血流动力学稳定后，所有患者应使用acei和β阻滞剂。在持续心功能ⅲ、ⅳ级的患者中可选择性使用醛固酮拮抗剂。虽然国外有关于左心室辅助装置及氧合膜用于心肌炎合并心功能不全治疗的报道，但该治疗对心功能的最终恢复是否有益还有争议。心功能不全患者预防性应用心脏复律除颤器则应根据患者恢复情况考虑决定。

心肌炎可能涉及细胞免疫和体液免疫，免疫抑制剂治疗从理论上讲应该有效。有大于20个非随机临床对照试验证明有效，但心肌炎的组织学改变与心室功能改善未必有明确的相关性。不同的病毒感染对免疫抑制剂治疗可以产生不同的反应，因此，应客观对待已公布的临床治疗试验结果。心肌炎患者不应常规使用免疫抑制剂。但系统性免疫性疾病(如红斑狼疮、硬皮病、多发性肌炎等)引起的心肌炎应用免疫抑制剂能够获益，特发性巨细胞性心肌炎患者应用免疫抑制剂也可获益。