慢性萎缩性胃炎的病因病机，不外饮食不节，戕伤中州；或外邪内侵，损及脾胃；或忧思郁怒，肝失疏泄，横逆犯胃；以及禀赋不足，脾胃虚弱等。其病位在“胃”但与“脾”、“肝”、“肾”关系密切，病机特点是虚中夹实。

(1)饮食不节，损及脾胃：《素问·痹论》云：“饮食自倍，肠胃乃伤。”暴饮暴食，饥饱无常；或恣食生冷，寒积胃脘，损伤脾胃之气，气机升降失常；或过食辛辣肥甘，过饮烈酒，酿热生痰，损伤脾胃，而出现胃痛、痞满之症。

(2)抑郁伤肝，横逆脾胃：肝为将军之官，喜条达而恶抑郁。若境遇不遂，忧思恼怒，情怀不畅，肝郁气滞，疏泄失职，横犯脾胃，脾胃失和则可致胃脘胀满嘈杂等症。正如《临证指南医案》所言：“肝为起病之源，胃为传病之所。”《沈氏尊生书·胃痛》曰：“胃痛，邪干胃脘病也，唯肝气相乘为尤甚，以木性暴且正克也。”
(3)禀赋不足，脾胃虚弱：身体脾胃虚弱，或劳倦内伤，中伤脾胃；或久病不愈，延及脾胃，脾胃虚弱，阳气不足，胃纳呆钝，脾运失健，而发为胃脘痞满、疼痛。正如《兰室秘藏·中满腹胀论》中谓“脾胃久虚之人，胃中寒则生胀满，或脏寒生满病。”
(4)外感内伤，脾胃湿热：外感暑湿、寒湿，内侵脾胃，水湿内停；或饮酒过度，酿湿生热，损及胃腑；或肝郁脾虚，脾失运化，蕴生湿热，而致痞满、嘈杂、反酸、胃脘灼痛等症。
(5)气滞不行，瘀血阻络：胃病日久，迁延不愈，气血阻滞胃腑；或术后损脉，瘀血内生，胃络失于滋养；或情绪不畅，肝气郁结，气滞血瘀，可致胃痛发作、嗳气痞满等症产生。正如《临证指南医案·胃脘痛》云：“胃痛久而屡发，必有凝痰聚瘀。”
(6)虚火内生，胃阴不足：恣食肥甘辛辣，饮酒过度，蕴湿酿热，日久不愈，灼伤胃络；或气滞血瘀，病邪留滞，瘀久化热；或肝气久郁，化而为火，上述原因均可灼烧胃腑，损耗胃阴，而发为胃脘灼痛，口干咽燥、大便干涩等症。