由于慢性肾盂肾炎反复发作，致肾脏中炎症和修复过程交替进行，结缔组织增生和瘢痕形成，使得局部血运差，抗生素不易进入病灶；局部引流不畅，致病菌难以清除，因此炎症难控制，受损的肾组织不易修复。而受损肾组织在恢复之前，亦是引起反复感染的一个重要因素。因而慢性肾盂肾炎治疗的重点为尽快消灭致病菌，促使受损肾组织尽早恢复。同时积极寻找易感因素，并却除之，是抗菌治疗有效的前提。如手术治疗肥大的前列腺，使尿路梗阻得以解除，就可以较有效的治疗肾盂肾炎。某肾病医院的抗菌治疗原则为：
（1）抗生素的选择 定期作尿细菌培养和菌落计数，并参考药物敏感试验的结果来选用最敏感的抗生素。由于致病菌较为顽固，以2—3种抗生素联合应用为佳。
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