不典型肾盂肾炎病例常缺乏急性期感染史，尿蛋白排出量较多，甚则出现浮肿，需与肾小球肾炎相鉴别。

肾小球肾炎发病年龄轻，男性多于女性，临床上常有浮肿，无明显膀胱刺激征；无肋脊角压痛及肾区叩痛；尿沉渣中白细胞数增多不明显，尿细菌检查阴性，而尿蛋白含量则较多，故易引起低蛋白血症，肾小球功能损害较明显。肾盂肾炎的尿蛋白量较少，一般在2g/24h以下，故少引起低蛋白血症；尿蛋白成分多为小分子蛋白，如溶菌酶、β2-微球蛋白等；而且肾小管功能损害较明显，病人常表现出尿的浓缩功能减退，如多尿、夜尿多、尿比重固定等。根据这些特点，两者容易鉴别。但两种病晚期都可以尿毒症为主要表现，鉴别会碰到困难，特别当慢性肾小球肾炎合并尿路感染时，更是如此。这时需详询病史和过去表现，结合两病各自的临床特点，才能判定。后期X线检查(主要指静脉肾盂造影)也有助于鉴别。必要时可行肾穿刺取肾组织加以鉴别。若是慢性肾小球肾炎合并感染，经过治疗将感染控制后，肾小球肾炎的特点会表现出来。