引起非典型肺炎的病原体很难通过培养获得，所以常规检查通常无法发现这些致病微生物。近年来的调查显示，非典型病原体所占比重持续增加。欧洲10国的26项前瞻性研究表明，在5961例CAP住院患者中，3种主要非典型病原菌感染的发病率分别位列第2(肺炎衣原体)、第4(肺炎支原体)和第5位(嗜肺军团菌)。北美临床研究显示，在CAP门诊患者中，非典型病原诊断率为30%~55%，住院患者为8%~44%。我国对CAP致病原的初步调查结果显示，非典型致病原的检出率约为30%~33.6%。

总体来说，导致CAP的非典型病原体可占到近40%，各个年龄段均可感染，病情从轻、中度至重度不等。肺炎支原体和肺炎衣原体一般在门诊患者中常见，而军团菌在重症住院患者尤其是需入住ICU的患者中常见。我国最近的流调显示，肺炎支原体和肺炎衣原体常作为CAP混合感染的一部分，而肺炎链球菌和流感嗜血杆菌属于混合感染还是继发感染尚不确定，但混合感染无疑死亡率更高。
2007年美国感染病学会/美国胸科学会(IDSA/ATS)指南建议，CAP初始经验治疗应考虑覆盖非典型病原体。治疗非典型病原体感染的传统药物是红霉素。但近年来，新大环内酯类(阿奇霉素、克拉霉素、罗红霉素)和喹诺酮类(环丙沙星、氧氟沙星、左氧氟沙星、莫西沙星)抗生素的疗效要优于红霉素，在非典型肺炎的治疗中占主导地位。