起病毒性心肌炎的“元凶”是病毒，最常见的一种是称为“柯萨奇”的肠道病毒，心肌病饮食其它一些能引起呼吸道和肠道疾病的病毒，如腺病毒和埃可病毒亦能引起病毒性心肌炎.
病毒可以通过两种方式对心脏产生损害:一种是病毒进入机体后，随血流到达心脏，直接进入心肌细胞，对细胞形成破坏;
另一种是病毒乾主机体后，诱使机体自身产生一些伤害心肌细胞的物质，使心肌细胞受到损伤.
目前认为上述两种方式均参与病毒性心肌炎的发生和发展过程，前者常出现在疾病的早期和急性期，后者多出现在晚期和慢性期.
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