单纯肾囊肿进展缓慢，预后良好，无自觉症状或压迫梗阻等病变者，不须外科治疗干预，亦不需口服药物，不影响日常生活，半年或一年复查一次B超即可。

一般认为需要外科治疗的单纯肾囊肿指征是：

1、有腰腹疼痛不适症状或心理压力大者；

2、囊肿直径大于4cm，或是近期体积明显增大者；

3、囊肿产生压迫、肾积水症状者，或囊肿继发出血、感染、破裂等病变者；

4、怀疑癌变者。

腹腔镜下的肾囊肿去顶减压术是目前肾囊肿手术治疗的主要方式。该手术方式创伤小，治疗有效，风险小，术后恢复快，住院时间短，切口愈合美观，复发率低。切除的囊肿壁均应送病理检查以明确其性质。

治疗方式还包括：B超引导下的囊肿穿刺抽液，并注入硬化剂（如无水酒精），但该方式穿刺风险高，复发率较高，且注入的硬化剂若进入肾盂、输尿管，造成的损伤是极其严重和难以修复的，不应推荐。