肾结核病变侵入肾盂后，常常随尿流向输尿管、膀胱、尿道播散，并可延及生殖系。

输尿管结核表现为粘膜结核和溃疡，继而管壁纤维化，使管腔节段性狭窄，引起输尿管上段和肾盂积水，加重肾脏损害。若输尿管完全闭塞，结核菌不能随尿下行入膀胱，膀胱的继发病变反见好转，症状消失，出现“肾自截”现象，但病菌灶内结核菌仍存在，故不能忽视。

膀胱结核初期有粘膜充血、水肿、结核结节形成，然后发生溃疡、肉芽肿、纤维化。有时病变深达肌层，发生严重纤维组织增生和瘢痕收缩，使膀胱容量减少，成为挛缩性膀胱，容量常不足50ml。由于膀胱的病变可使对（健）侧输尿管口发生狭窄，或破坏其活瓣作用，导致尿液回流，引起对侧肾积水。膀胱挛缩和对侧肾积水都是肾结核的晚期并发症。此外，若膀胱壁的溃疡向邻近器官穿通，则形成结核性膀胱结肠瘘或膀胱阴道瘘。

尿道结核病变主要也是溃疡、纤维化，形成狭窄。后尿道的病变也可来自前列腺和精囊结核。尿道狭窄后，可致排尿困难，加剧肾损害。

肾结核男性患者常可合并生殖系结核，以附睾结核最多见。