肾囊肿通常都是在由于某种其他原因去做检查时被发现的。许多肾脏囊肿患者并不知道他们有这种疾病。不过，严重的多囊肾疾病极为少见。在美国，约有2％的慢性肾衰竭疾病是肾囊肿所造成。单一囊肿没有症状，只有在它变得很大，引起腰背部疼痛时，才会有症状出现。发生单一囊肿时，有时你可用手指摸到腹部有一个软块。多囊肾病偶尔会引起血尿（尿中带血），或肾盂肾炎反复发作。在大多数情况下，多囊肾病是没有症状的，除非囊肿终于取代了太多的肾组织，引发慢性肾衰竭。当此病到了引发慢性肾衰竭的地步时，症状才开始出现。

单一肾囊肿的唯一危害就是可能发展成恶性囊肿，不过这很少发生，多囊肾病可能导致慢性肾衰竭，但这种情形也同样罕见。 如果你患有单一性肾囊肿，往往在因其他疾病进行检查时，才被发现。由于囊肿会有癌细胞的可能，所以医生会叫你接受进一步的检查——例如做超声波检查，甚至是做囊肿吸引手术（医生用针穿刺囊肿），抽出囊肿内的液体来做检查。在局部麻醉后实施肾囊肿吸引手术，患者通常无疼痛感。如果囊肿液体内的细胞检查结果一切正常，而巨囊肿也没有扩大到足以造成肾损伤或引起极度不适，通常你就不需要进一步的诊治。

无痛而良性的肾囊肿不需要治疗，但如果囊肿变大、造成疼痛，或者如果发现囊肿是恶性的，你往往需要接受外科治疗，将病变的肾脏切除。切除一只肾脏通常算是一种简单的手术，只剩下一只肾脏的人们能过正常而健康的生活。因为，一只健全的肾脏可轻易地负担起两只肾脏的工作。