病毒与呼吸道站膜的相互作用病毒通过吸人飞沫或手接触直接传播到达呼吸道茹膜，而后者被认为是由鼻病毒引起普通感冒的重要传染途径，但是其他病毒是否通过这种途径传播目前尚缺乏证据。病毒感染可能发生在呼吸道的任何部位，但病毒能否成功复制则依赖于其他的一些因素。鼻病毒和冠状病毒最适宜的复制温度是33℃，因此它们可引起上呼吸道感染，尽管也可能引起下呼吸道感染，但是否能引起肺炎尚有不同意见。

呼吸退上皮细胞存在特异性的受体以识别病毒，如IcAM—1识别一些鼻病毒、唾液酸识别流行性感冒病毒、P3整合素识别辛诺伯病毒。呼吸道合胞病毒易部附于纤毛上皮细胞。糖蛋白的溶蛋白性裂解是流感病毒和副流感病毒成功复制所必需的，当流感病毒在上皮生长时，上皮提供这种蛋白酣活性。