沙眼衣原体感染易并发附睾炎，表现为附睾肿大，变硬及触痛，多为单侧，部分患者的抗沙眼衣原体抗体升高，可直接从附睾抽吸液中分离出沙眼衣原体;累及睾丸可出现睾丸炎，表现为睾丸疼痛、触痛、阴囊水肿及输精管变硬变粗;累及前列腺时可出现后尿道、会阴及肛门部位钝痛或触痛，可有性功能障碍，直肠镜检可触及有压痛的前列腺。如前列腺明显肿大，可压迫后尿道而出现尿流变细、排尿无力及尿流中断等;本病还可以合并Reiter综合征，即关节炎，结膜炎，尿道炎三联症。

本病潜伏期比淋病长，约1-3周或数月，主要表现为尿道内不适，刺痛及烧灼感，并伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿痛较淋病为轻。尿道口轻度红肿并有浆液或粘液脓性分泌物，稀薄而量少，长时期不排尿或早晨首次排尿前可见尿道口分泌物污染内裤，并可见尿道口有“糊口”现象;分泌物少时，于晨起挤压尿道才流出少量粘液。合并膀胱炎时可有血尿;无症状性非淋菌性尿道炎，约30-40%病人症状不典型或根本无症状。约1/3左右的淋球菌尿道炎病人合并沙眼衣原体感染，淋病治愈后又出现尿道炎症状，易误诊为慢性淋病或PPNG菌株感染。

衣原体感染能够引起许多疾患。其中对泌尿系统的感染常被称为非淋菌性尿道炎(nongonococcal urethritis，NGU。在非淋的病原体检测中，沙眼衣原体的发现率占到了40%-60%。

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