科学家的观察发现，无论是急性吸烟还是慢性吸烟都可以使胃酸分泌增加。在吸烟开始30分钟后十二指肠的酸度就开始增高，直到停止吸烟30~60分钟才能恢复到正常水平。

吸烟可使胃的幽门括约肌松弛，导致胆汁反流发生。

吸烟延迟胃的排空，影响胰腺和十二指肠分泌碳酸氢盐，从而削弱中和胃酸作用。

香烟中的尼古丁直接损伤粘膜的血管，使胃粘膜血流量减少。

吸烟还可以使胃粘膜中的保护性细胞因子分泌减少，这些都使得胃粘膜的屏障保护作用减弱，而导致消化性溃疡。

研究发现，吸烟者中幽门螺杆菌的感染率比不吸烟的高，而且，吸烟者感染幽门螺杆菌的人群有73%患溃疡病，而不吸烟者感染幽门螺杆菌的人群中仅29%患溃疡病。

吸烟者服用非甾类抗炎药时，比不吸烟的服药者更容易患溃疡病以及并发症。