功能性遗粪症指并非由于明显的器质性缺陷或疾病造成的不能自控大便，在3岁儿童中的发生率为17%，4岁儿童为1%。常见的原因是孩子拒绝排便训练，但有时又由于慢性便秘而造成粪便不能控制地排出。
便秘是排便困难或不能经常排便，大便硬结或感到没有完全排出。发生的原因有，害怕使用厕所而未拉完就缩回大便；拒绝使用厕所；肛门裂伤；先天性畸形，如脊索的病变，肛门无孔（修补术后）以及其他相关的异常；Hisrschsprung病；甲状腺素功能低下；营养不良；脑瘫；儿童或家庭成员有精神疾病。
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