慢性便秘的鉴别诊断中，应注意（1）功能性便秘和盆底排便障碍，（2）功能性便秘和肠易激综合征，（3）先天性巨结肠和结肠假性肠梗阻的鉴别。
功能性便秘（functional constipation）和盆底功能障碍（pelvic floor dyssynergia）：前者指无器质性疾病证据的慢性便秘。部分功能性便秘患者有盆底障碍的表现，后者需伴有盆底障碍的表现。即符合罗马II的功能性便秘的诊断标准，还需具备盆底障碍的客观依据，即：（1）、有肛门直肠测压、肌电图或X线检查的证据，表明在反复作排便动作时，盆底肌群不合适的收缩或不能放松，（2）、力排时直肠能出现足够的推进性收缩，（3）、并有粪便排出不畅的证据。
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