婴幼儿便秘是临床常见的症状主诉，多数预后良好，但有的会发生慢性便秘。正常婴儿中有0.3-7.5%对牛奶蛋白不耐受，其中82%在出生4个月内出现症状。这种牛奶蛋白不耐受经常引起呕吐和腹泻、过敏性鼻炎、哮喘和湿疹、胃食管反流和慢性便秘及直肠炎。牛奶蛋白的不耐受不是短暂的疾病。

在一项对206名婴儿进行的有关牛奶蛋白的不耐受性研究中，6％患有便秘 的婴儿对多种治疗方法如饮食中增加碳水化合物、果汁和水果，肛门扩张术，给予轻泻药等均无效。而从这些患儿的饮食中除去牛奶后，恢复了正常的排便习惯。

另有对27名患有便秘的5-36个月婴儿进行的研究中发现，78％的患儿在无牛奶饮食实验期间便秘消失。牛奶激发试验48-72小时内又出现便秘。进一步的研究证实，慢性便秘患儿每3-15天排便一次，并且大多数伴有肛裂、肛周红肿。通过对牛奶进行双盲交叉研究发现，对以前服用轻泻药无反应的便秘患儿，68％喝豆汁后8天或超过15天时，肛裂和排便时疼痛缓解，当这些患儿再服用牛奶时也无症状。