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在胚胎发育的过程中,造血干细胞是以卵黄囊全能间叶细胞分化而来的最原始造血细胞。胚胎发育至3—5个月时肝脏和脾脏中含有大量的 HSC。
近年发现脐血中亦含丰富的造血干细胞、其更原始,且免疫原性弱。成人时造血干细胞主要分布在骨髓中,外周血中也有一定量的造血干细胞。
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