目前中医对肾囊肿的治疗多是从以下的几点进行治疗：
1.标本兼顾：多囊肾进展至后期，肾用先司，浊毒内停而成关格重症，故有湿浊者应利湿化浊;有水气者，应利水行气。总之，治疗应标本兼顾，固本有滋阴、益气、补肾、健脾等法，治标包括清热、利湿、活血、化瘀、平肝熄风等法。
2.理气活血：由于水湿瘀积肾内，可阻碍气机，导致气滞血瘀，气血水互结为患，故治疗时应注意理气活血。有血尿者清热止血;腰部瘀块明显者，活血化瘀止痛;腹痛发热者，清热解毒，活血化瘀。
3.扶正固本：多囊肾肾囊肿早期无明显临床症状，或时有腰部不适，或家族中有多囊肾患者，早期偏肾阳虚者补肾壮阳，偏肾阴虚者滋阴补肾。
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