肿瘤的发生是多基因、多步骤的过程。要想确切了解肿瘤的发病机制，寻找更有效的治疗方法，过去所采用的以一个或几个基因为目标的研究方法已不适合了，基因芯片技术的出现为这一问题提供了有效的解决方法。

基础研究

在肿瘤发病机制的研究中，基因芯片技术为识别出与肿瘤发生密切相关的基因、了解各基因之间复杂的关系提供了强有力的手段。Ｓｈｉｍａｄａ等利用芯片技术，分析了异位表达ＡＭＬ１－ＥＴＯ融合基因的鼠粒祖细胞系Ｌ－Ｇ的６５００个基因的表达情况，识别出３２个候选基因，其中２３个基因过去并不知道受到ＡＭＬ１－ＥＴＯ的调节。ＡＭＬ１－ＥＴＯ能提高许多与粒细胞分化有关的基因的表达，特别是编码嗜天青颗粒蛋白的基因，如组织蛋白酶Ｇ、髓过氧化物酶、溶菌酶等。这就为携带ＡＭＬ１－ＥＴＯ融合基因的ＡＭＬ发病机制研究开辟了新的领域。